广西医科大学基础医学院，下设学院办公室、教研科、学生工作办公室、学院团委4个行政职能部门，基础医学系、生命科学与技术系、生物医学工程系、基础医学实验教学中心4个教学系（中心）和基础医学实验中心、广西“神经生物学研究”特聘专家实验室2个科研实验室，其中基础医学系涵盖6个教研室即微生物学教研室、免疫学教研室、人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、病理生理学教研室、寄生虫学教研室，生命科学与技术系涵盖4个教研室即生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、生物技术教研室、细胞生物学与遗传学教研室，生物医学工程系涵盖4个教研室即物理学教研室、电子学教研室、医疗仪器与临床工程教研室、数学与信息工程教研室，基础医学实验教学中心涵盖3个教学实验室（中心）即实验生理科学实验中心、形态学实验室、分子医学教学实验室。
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